这座中世纪的古城坐落于波尔多葡萄园区中心，始建于公元八世纪，由一位出生于瓦纳的修道士埃米利永（Emilion）兴建。
在十一世纪末至十二世纪初，本笃会修道士开始挖掘独石教堂。随后几个世纪，各个宗教业纷纷修建了教堂。到1199年时，英国国王约翰·拉克兰时开始大规模修建这座城市并且创建了政治组织。
圣埃米利永被石灰岩山丘环绕，致力于葡萄酒生产。在百年战争期间，于英格兰贸易扩大，用所产葡萄酒换取卵石铺砌古镇小巷。在贸易中，小城逐步殷实。
这个小城是全法国拥有历史古迹最丰富的城市之一，是前往圣雅各·德·恭波斯特拉参加典礼的朝圣者的中转站。圣埃米利永教务会教堂和修道院回廊是著名景点，那里有大量绘画和一架十九世纪的管风琴。雅各宾修道院正门装饰着可追溯至十五世纪的雕塑。
2009年，圣埃米利永举办了庆祝被联合国教科文组织列入世界人类遗产文化景观类十周年的活动。